Do zadań Wydziału Kontroli Przedsiębiorców należy:

1. koordynacja i nadzór w zakresie kontroli prowadzonych w trybie art. 78 Wspólnotowego Kodeksu Celnego, kontroli podatku akcyzowego oraz opłaty paliwowej prowadzonych przez naczelników urzędów celnych;
2. koordynacja pozostałych kontroli prowadzonych w siedzibie przedsiębiorcy lub w miejscu prowadzenia przez niego działalności gospodarczej;
3. wykonywanie kontroli wynikających z rozporządzenia Rady (WE) Nr 485/2008 z dnia 26 maja 2008 r. w sprawie kontroli przez państwa członkowskie transakcji stanowiących część systemu finansowania przez Europejski Fundusz Rolniczy Gwarancji, zgodnie z programem kontroli zatwierdzonym przez Komisję Europejską oraz w ramach pomocy wzajemnej między państwami członkowskimi;
4. monitorowanie działań związanych z nieprawidłowościami stwierdzonymi w wyniku kontroli wykonywanych na podstawie rozporządzenia Rady (WE) Nr 485/2008;
5. badanie warunków i kryteriów w związku z wnioskiem o przyznanie świadectwa upoważnionego przedsiębiorcy (AEO) oraz monitorowanie, czy upoważniony przedsiębiorca spełnia wymagane warunki i kryteria;
6. badanie warunków i kryteriów w związku z wnioskiem o udzielenie pozwolenia na stosowanie procedury uproszczonej, o której mowa w art. 76 ust. 1 Wspólnotowego Kodeksu Celnego oraz wniosku o pojedyncze pozwolenie na stosowanie procedury uproszczonej (SASP) oraz monitorowanie, czy osoby posiadające pozwolenie na stosowanie procedury uproszczonej oraz SASP spełniają wymagane warunki i kryteria;
7. ponowna ocena udzielonych pozwoleń na stosowanie procedury uproszczonej w związku ze zmianą warunków i kryteriów niezbędnych do ich udzielenia;
8. koordynacja działań kontrolnych podejmowanych w ramach współpracy z organami administracji rządowej lub na rzecz zagranicznych administracji celnych;
9. koordynacja i opracowywanie, w zakresie właściwości komórki, operacyjnych planów kontroli we współpracy z urzędami celnymi;
10. monitorowanie, w zakresie właściwości komórki, oraz ocena jakości i efektywności wykonywania planów operacyjnych oraz sporządzanie okresowych sprawozdań z ich realizacji;
11. współudział w opracowywaniu taktycznego planu kontroli dla Izby i monitorowanie jego realizacji;
12. przygotowywanie danych i opracowywanie analiz w zakresie właściwości wydziału.